Jako první měly být likvidovány mužské řády a kongregace. Uvádí se, že v českých zemích bylo v roce 1950 asi 1500 řeholníků, kteří přináleželi do 26 řeholních řádů a kongregací a žili v 151 klášterech (na Slovensku pak asi 1000 řeholníků z 16 řeholních společenství v 96 klášterech). Skutečné počty je obtížné získat, protože jednotlivé řády počítaly či nepočítaly mezi řeholníky novice apod.

Do roku 1950 došlo k zatčení několika řeholníků (např. Jakub Zemek, Metoděj Habáň a další), ale jednalo se spíš o individuální případy. V březnu 1950 zatkla státní bezpečnost sedm společensky známých řeholníků – do výběru, který vytvořil předseda SÚC a ministr spravedlnosti Alexej Čepička, patřili: provinciál jezuitů František Šilhan, jezuité Adolf Kajpr, František Mikulášek, františkán Jan Evangelista Urban, dominikán Silvestr Braito, redemptoristé Ivan Mastiliak a Jan Blesík. K plánovanému monstrprocesu byli připojeni také dříve zatčení premonstráti želivský opat Vít Tajovský a novoříšský opat Augustin Machalka, k nim byl ještě přidán novoříšský provizor Stanislav Barták.

Vězněni byli v nelidských podmínkách, často v korekci, bez jídla, buzeni a nuceni cvičit až do padnutí. Absolvovali mnohahodinové výslechy, často ve stoje a se zavázanýma očima. Při výslechu bylo řeholníkům vyhrožováno. Cílem bylo zlomit je a donutit při soudním procesu přečíst předem připravené lživé výpovědi. Tento proces zvaný Machalka a spol. probíhal na přelomu března a dubna 1950. Obžalováni byli z toho, že jsou vatikánskými špióny a ukrývají zbraně. Navzdory tomu, že kromě S. Bartáka se všichni snažili hájit a nečetli předem připravené výpovědi, byli při vynesení rozsudku 5. dubna 1950 soudem uznáni vinnými z rozvracení lidově demokratického řízení, a tedy z velezrady s tresty ve výši od 9 let po doživotí. Komunistická státní moc lživými a vymyšlenými argumenty získala ospravedlnění k zásahu proti všem klášterům. 

Proces měl negativně naladit společnost proti řeholím, a to například informacemi o vykonávání protistátní činnosti, zahálčivém životě v klášterech s velkorysými prostory, zatímco mnohé rodiny se tísnily v malých bytech.