Spolupráci klášterů a tehdejší Univerzitní knihovny (dnes součást MZK) lze sledovat hluboko do minulosti. Například ještě v předvečer akce K 10. března 1950 máme doloženou korespondenci mezi knihovnou a opatem rajhradského kláštera Václavem J. Pokorným o uložení rozsáhlé historické edice pramenů Monumenta Germaniae historica, jež byla majetkem kláštera, v Univerzitní knihovně jako depozita.

Akce K vztah mezi knihovnou a kláštery postavila do zcela jiné roviny. Do správy tehdejší Univerzitní knihovny v Brně se dostaly knižní fondy klášterů z Brněnského a Jihlavského kraje, Olomoucký a Gottwaldovský kraj spadaly pod Univerzitní knihovnu v Olomouci a Ostravský kraj pod Slezskou studijní knihovnu v Opavě.

Univerzitní knihovna v Brně se snažila, aby knižní celky, které dostala do správy, zůstaly v původních prostorách nebo do nich byly co nejdříve navráceny. U rajhradských benediktinů, brněnských augustiniánů, minoritů a kapucínů a premonstrátů v Nové Říši se to podařilo. V roce 1954 byla na původním místě zpřístupněna i knihovna křížovnického proboštství na Hradišti u Znojma a roku 1964 se do původních prostor vrátily františkánské knihovny v Dačicích a v Moravské Třebové. Těchto osm knihoven se tak stalo jedinými zachovalými klášterními knihovnami v původních interiérech na Moravě. Knihovny dalších řádů byly uloženy v externích depozitářích Univerzitní knihovny, od roku 1964 v prostorách zámků v Oslavanech, Brtnici a Bojkovicích. I tyto knižní soubory se podařilo zachovat v ucelené podobě, byť mimo původní místo uložení.

Z klášterů do knihoven ale nebyl stěhován veškerý písemný materiál. Dělení písemného materiálu z klášterů bylo následující: úřední písemnosti spadaly pod archivy a materiál knižní povahy byl určen studijním knihovnám. Předpokládalo se, že v archivu nebudou badatelé knihy hledat, odborněji je zpracují knihovníci než archiváři a v knihovnách najdou lepší využití. Bylo také zohledněno, že stálé stěhování knihám neprospívá.

Knihovna si uvědomovala nutnost péče nejen o samotné knihy, ale také o původní prostory určené k jejich uložení. Od 60. let probíhaly v některých klášterních knihovnách rozsáhlé rekonstrukce, zahrnující mimo jiné i restaurování původního mobiliáře.

Díky péči o klášterní knihovny a jejich zachování v historických celcích mohlo po roce 1989 dojít k jejich navrácení původním majitelům.